พระสัสสุระของเอลีซาเบ็ท คริสทีเนอ พระเจ้าฟรีดริช วิลเฮล์มที่ 1 แห่งปรัสเซียได้เสด็จสวรรคตในปีค.ศ.1740 และพระสวามีของพระองค์ก็ได้ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าฟรีดริชที่ 2 แห่งปรัสเซีย ในช่วงเวลาที่พระองค์ทรงดำรงตำแหน่งพระราชินีอยู่นั้นได้ทรงประทับอยู่อย่างเดียวดายที่พระราชวังโชนเฮาเซ่นโดยที่พระสวามีจะเสด็จมาเยี่ยมเยียนนานๆ ครั้ง และทรงได้รับมอบหมายให้เลี้ยงดูเจ้าหญิงฟรีดริเค่ ชาร์ล็อทเท่แห่งปรัสเซียที่ภายหลังได้อภิเษกกับดยุคแห่งยอร์คและอัลบานี